הכל התחיל עם הברון רוטשילד, שהגה תכנית רחבת מעוף ובעלת אופי של תכנון אזורי מקיף: "אני רוצה לרכז את עבודתי בעיקר בשומרון, לייבש את ביצות הכבארה, ועל ידי כך תרפא הסביבה ותתאחדנה כל המושבות מחדרה עד זיכרון יעקב. פה אני רוצה ליצור יישוב חקלאי משוכלל אשר יהיה מופת לרבים".
המושבה בנימינה נחשבה לסיפור הצלחה, לגולת הכותרת בפעולת ההתיישבות לאחר מלחמת העולם הראשונה, מפעל התיישבותי רחב וייחודי שבא לידי ביטוי בתכנון, בהיקף הביצוע, בהשקעות ובנוף האנושי.
מגוון חידושים טכנולוגיים וניסויים חקלאיים, שהלכו ונתגבשו עד להקמת בנימינה כיישוב לדוגמה והשלמת ייבוש ביצות שוני וכבארה, הביאו לשינוי מסיבי בנוף האזור כולו ובמאפייניו. אזור מוכה קדחת, מהקשים ביותר שהיו בארץ, הפך למרכז התיישבות וחקלאות הראויים להתפעלות, ששינו את פני האזור כולו.
קבוצות הכשרה שונות שעלו להתיישבות במושבה החלו את דרכם בחוות סביב המושבה - ב"שוני" ובחאן "זרעוניה".
באוקטובר 1922, שנת תרפ"ב, נסתיימה בניית הבתים ביישוב החדש. הרכב הקבוצה שנקבע סופית: 30 חברים, בני המושבות הוותיקות מיהודה והגליל, משוחררי הגדודים העבריים, בוגרי מקווה ישראל, בוגרי לימודי חקלאות בקליפורניה והולנד ועולים בעלי הון שחפצו בחקלאות. אליהם הצטרפו בני זיכרון יעקב שאדמותיהם בבנימינה.
חנוכת המושבה נחגגה בט"ו בשבט תרפ"ג, ברוב עם והדר.
בשנת 1927 הונחה אבן הפינה לבית-הכנסת "תפארת בנימין", בנוכחות הרב הראשי הרב קוק. במגילת היסוד הונצחו חמישים המשפחות הראשונות.
בנימינה הלכה וצמחה, ונוספו לה שכונות חדשות. הראשונה בהם היתה שכונת יעקב בשנת 1929, ולאחריה גבעת הפועל, שכונת עולי גרמניה, נחלת-ז'בוטינסקי ונווה עובד.
עם הקמת מדינת ישראל החלו גלי עלייה, וליד בנימינה, במחנה הבריטי הנטוש, הוקמה מעברה גדולה. בשנת 1953 נבנו מגורי קבע בשכונות ישורון ורבורג.
ב-20 השנים האחרונות הפכה בנימינה ליישוב אטרקטיבי, המושך אליו מגוון של תושבים חדשים, ונבנו שכונות כרמי בנימינה, זרעוניה ובית הכרם. עם זאת, המושבה ממשיכה לשמור על צביונה הכפרי.